El cockpit ProgigyTM proporcionará nuevos niveles de integración, flexibilidad de presentación y monitoreo de sistemas de la aeronave. El Prodigy TM está basado en el sistema de aviónica Garmin G1000. El ProdigyTM es un conjunto de aviónicos totalmente integrado, compuesto de pantallas, que ofrece a los operadores del Phenom 100 y Phenom 300, más ventajas que cualquer otro conjunto de aviónicos que se encuentra en el mercado. El sistema, de fácil utilización, comprende tres pantallas de 12 pulgadas: dos pantallas primarias de vuelo (PFD) y una pantalla multifunción (MFD). El sistema integra toda la instrumentación primaria de vuelo, navegación, comunicación, terreno, tráfico, meteorológica, motores, y datos para alerta a la tripulación y presenta las informaciones en colores brillantes, que pueden ser leídas a la luz del sol, en pantallas de alta definición.

Los PFDs y el MDF, de 12 pulgadas, presentan las informaciones tradicionales de la cabina de comando de forma integrada, en formato grande, y coloca a disposición del piloto todas las funciones de monitoreo de sistemas de la aeronave, información de la situación y planificación de vuelo.La aeronave también está equipada con el nuevo y revolucionario Sistema Automático de Control de Vuelo (AFCS) Garmin GFC 700, de tres ejes, totalmente digital y resistente a fallas. El GFC 700 presenta un control de alabeo, cabeceo y guiñada, con control automático de compensación de cabeceo y MACH, además de otras características, inexistentes en otros sistemas de piloto automático. Un teclado alfanumérico, instalado en el tablero de control, va a ayudar a los pilotos a completar las funciones de FMS, navegación y comunicación, además de usar los controles localizados alrededor del PFD y del MFD. El proyecto ergonómico y simplificado del teclado, disminuye la carga de trabajo del piloto, ofreciendo una manera más rápida de insertar datos de FMS y gestionar las funciones integradas de comunicación y navegación del Prodigy™.

• Dos Sistemas de Referencia de Altitud y Proa (AHRS), integrados, en estado sólido, que pueden alinearse en movimiento, incluyendo reiniciaciones dinámicas en vuelo;
• Dos Computadoras Digitales de Datos del Aire, conforme a RVSM (DADCs);
• Sistema Integrado de Indicación de Motor y Alerta de la Tripulación (EICAS) con presentación sinóptica de pantalla entera y con una funcionalidad similar a la de una Computadora Centralizada de Mantenimiento (CMC);
• Transponder Modo S Integrado, con Servicio de informaciones de Tráfico, siguiendo los requisitos europeos referentes a la Vigilancia Elemental y Avanzada;
• Dos módulos de radio integrados, que proporcionan navegación oceánica, en ruta, en terminal y de FMS, aprobada para aproximación con GPS/WAAS; navegación VHF con ILS; y comunicación VHF, con transceptores de 16 watts y espacio de 8.33 Khz entre los canales;
• Sistema de Información y Alerta de Terreno (TAWS), Integrado, Clase B, com base de datos mundial de terreno y obstáculos, que no requiere un LRU externo, como ocurre en los otros sistemas TAWS;
• Enlace de datos meteorológicos integrados vía satélite y audio de calidad digital vía XM Satélite Radio;
• Dos sistemas integrados de control de audio digital;
• Proyecto integrado con capacidad de reversión, permitiendo que todos los datos críticos de vuelo sean transferidos continuamente para una única pantalla, transformando el vuelo más seguro;
• RADAR Meteorológico Embarcado, totalmente digital, con capacidad de monitoreo Horizontal y Vertical (Opcional)