O cockpit Prodigy™ proporcionará novos níveis de integração, flexibilidade de apresentação e monitoração de sistemas da aeronave. O Prodigy™ é baseado no sistema de aviônica Garmin G1000. O Prodigy™ é um conjunto de aviônicos totalmente integrado, composto de telas, que oferece aos operadores do Phenom 100 e Phenom 300 mais vantagens do que qualquer outro conjunto de aviônicos que se encontra atualmente no mercado. O sistema, de fácil utilização, compreende três telas de 12 polegadas, duas telas primárias de vôo (PFD) e uma tela multi-função (MFD). O sistema integra toda a instrumentação primária de vôo, navegação, comunicação, terreno, tráfego, meteorológica, motores e dados para alerta à tripulação, e apresenta as informações compostas em cores brilhantes, que podem ser lidas à luz do sol, em telas de alta definição.

Os PFDs e o MFD, de 12 polegadas, apresentam as informações tradicionais de cabine de comando de forma integrada, em formato grande, e coloca todas as funções de monitoração de sistemas da aeronave, informação de situação, e planejamento de vôo, à disposição do piloto. A aeronave está também equipada com o novo e revolucionário Sistema Automático de Controle de Vôo (AFCS) Garmin GFC 700, de três eixos, inteiramente digital, resistente a falhas. O GFC 700 apresenta controle de rolamento, arfagem e guinada, com controle automático de compensação de arfagem e Mach, além de outras características inexistentes em outros sistemas de piloto automático. Um teclado alfanumérico, instalado no painel, ajudará os pilotos a completar as funções de FMS, navegação e comunicação, além de usar os controles localizados ao redor do PFD e do MFD. O projeto ergonômico e simplificado do teclado diminui a carga de trabalho do piloto, oferecendo uma maneira mais rápida de inserir dados de FMS e gerenciar as funções integradas de comunicação e navegação do Prodigy™.

• Dois Sistemas de Referência de Atitude e Proa (AHRS), integrados, em estado sólido, que podem se alinhar em movimento, incluindo reinicializações dinâmicas em vôo;
• Dois Computadores Digitais de Dados do Ar em Conformidade com RVSM (DADC’s);
• Sistema Integrado de Indicação de Motor e Alerta da Tripulação (EICAS) com sinótica de tela inteira e funcionalidade similar a de um Computador Centralizado de Manutenção (CMC).
• Transponder Modo S Integrado, com Serviço de Informações de Tráfego, em conformidade com os requisitos europeus referentes à Vigilância Elementar e Avançada;
• Dois módulos de rádio integrados que proporcionam navegação oceânica, em rota, em terminal e de FMS aprovada para aproximação com GPS/WAAS; navegação VHF com ILS; e comunicação VHF, com transceptores de 16 watts e espaçamento de 8.33 kHz entre os canais;
• Sistema de Informação e Alerta de Terreno (TAWS), Integrado, Classe B, com base de dados mundial de terreno e obstáculos, que não requer um LRU externo, como ocorre com outros sistemas TAWS;
• Enlace de dados meteorológicos integrados via satélite e áudio de qualidade digital via XM Satellite Radio;
• Dois sistemas integrados de controle de áudio digital;
• Projeto integrado com capacidade reversionária, permitindo que todos os dados críticos de vôo sejam transferidos continuamente para uma única tela, tornando o vôo mais seguro;
• RADAR Meteorológico Embarcado inteiramente digital, com capacidade de varredura Horizontal e Vertical.